同濟大學按照國務院常務會議精神，從2014年秋季學期起，向所有納入國家招生計劃的新入學研究生收取學費。其中：工程管理碩士（125600）、MBA（125100）、MPA（125200）、法律碩士（非法學）（035101）、軟件工程碩士（085212）、金融碩士（025100）、會計碩士（125300）和翻譯碩士（055101、055102、055109）專業學位研究生的學費標準另行公布，其它碩士研究生學費為8000元/學年。

對全日制學術型研究生和全日制專業學位碩士研究生，同濟大學有完善的獎助體系（工程管理碩士（125600）、MBA（125100）、MPA（125200）、法律碩士（非法學）（035101）、軟件工程碩士（085212）、金融碩士（025100）、會計碩士（125300）和翻譯碩士（055101、055102、055109）不納入獎助體系中），對于納入獎助體系的全日制學術型碩士生和全日制專業學位碩士生在入學時全部都可以獲得每年8000元的全額學業獎學金，該獎學金用以抵充學費。對納入獎助體系的碩士研究生還可獲得6000元/年的助學金。另外，全日制研究生都可以申請助教和助管的崗位，獲得額外的資助。所有全日制碩士研究生在學期間納入上海市城鎮居民基本醫療保險，可申請辦理國家助學貸款，可參加有關專項獎學金評定。

同濟大學工商管理碩士在職班、金融碩士在職班、公共管理碩士、工程管理碩士、會計碩士采取在職學習方式，考生錄取后，人事關系不轉入學校，在讀期間不參加上海市大學生醫療保障，學校不安排住宿，畢業時不納入就業計劃。

同濟大學碩士研究生學制一般為2.5 年（工商管理碩士普通項目、中印美Global MBA項目、公共管理碩士、金融碩士、會計碩士、翻譯碩士、藝術碩士為2年；風景園林碩士、生物學、工商管理碩士同濟-曼徹斯特MBA雙學位項目、法律碩士（非法學）為3年；醫學院與口腔醫學院招生專業均為3年），修讀年限最長為4年。中德學院、中法工程和管理學院另有語言強化班，需時半年。